MTsN 3 Malang menggunakan kurikulum Nasioanl yang dipadukan antara kurikulum Diknas (SMP) dan kurikulum Kemenag (MTs) yang diperkaya dengan visi dan misi agama. Artinya, struktur program kurikulum diperkaya dengan penguasan basic knowladge of science and technology (program pemantapan IPTEK) dan peningkatan kualitas IMTAK.
Untuk itu dilakukan penambahan jam tatap muka untuk materi sains (Matematika,IPA,Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia) dan Pendidikan Agama Islam.
Program penunjang kurikulum didesain sedemikian rupa untuk mempersiapkan siswa siap menghadapi ujian nasional, melanjutkan ke jenjang sekolah atau madrasah unggulan yang lebih tinggi (SMA/MA). Program penunjang itu diantaranya : memoles mutiara, hikmah, super hikmah, ELIT (Enjoy Learning Together), dan bimbingan intensif UN melalui pondok UN. Selain itu dikembangkan juga kurikulum tersembunyi (hidden curiculum) dalam program pembinaan dan pembiasaaan hidup dengan nilai-nilai islami, pengembangan diri, pendidikian kecakapn hidup (leadership life skill).