MTsN 3 Malang dibawah naungan Kementerian Agama mengacu pada Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 23 Tahun 2021 tentang Pengendalian Gratifikasi sebagai pedoman dalam mewujudkan tata kelola pemerintahan yang bersih, transparan, dan berintegritas. Peraturan ini menegaskan komitmen MTsN 3 Malang dalam mencegah praktik gratifikasi yang berpotensi menimbulkan konflik kepentingan dan penyalahgunaan wewenang dalam pelaksanaan tugas dan pelayanan kepada masyarakat.
Melalui penerapan PMA tersebut, seluruh aparatur di lingkungan MTsN 3 Malang diwajibkan untuk menolak segala bentuk gratifikasi yang berkaitan dengan jabatan serta melaporkan gratifikasi yang tidak dapat dihindari sesuai ketentuan yang berlaku. Pengendalian gratifikasi ini diharapkan dapat memperkuat budaya kerja yang profesional, jujur, dan akuntabel, serta meningkatkan kepercayaan publik terhadap pelayanan MTsN 3 Malang.